Michelle Daniela Marquez Dee sinh ra ở Makati, Vùng đô thị Manila vào ngày 24 tháng 4 năm 1995, là con của một doanh nhân và cựu diễn viên Frederick "Derek" Dee và là nữ diễn viên, tác giả, cựu siêu mẫu và nữ hoàng sắc đẹp Melanie Marquez, người đã đăng quang Hoa hậu Quốc tế 1979. Cô có một chị gái, Maxine, và bốn người chị em cùng mẹ khác cha—Miguelito, Mazen, Adam Jr., và Abraham.[6] Dee đã dành một khoảng thời gian đáng kể thời thơ ấu của mình trong trang trại của gia đình họ ở Utah, Hoa Kỳ trong các kỳ nghỉ hè và kỳ nghỉ cùng gia đình. Cô lớn lên với tình yêu thương với các loài động vật trong trang trại và tận hưởng vùng nông thôn, cả ở Utah và khu vườn của gia đình cô ở Mabalacat, Pampanga.[7]

Dee theo học Đại học De La Salle ở Manila và tốt nghiệp với bằng tâm lý học. Vào năm 2021, cô đã hoàn thành chương trình chứng chỉ về các yếu tố cần thiết cho tinh thần kinh doanh của Trường Kinh doanh Harvard.[8][9]